Študijný program Aplikovaná mechanika sa v prevažnej miere orientuje na numerické a experimentálne metódy mechaniky a ich aplikácie v strojárskom a automobilovom priemysle. Ide o perspektívny program, ktorého absolventi nachádzajú uplatnenie najmä vo výskumno-vývojových centrách ako špecialisti na počítačové simulácie a expertízne činnosti. Doktorandské štúdium poskytuje študentom veľký vedecký potenciál a rozsiahle možnosti pre výskum. Vedecké aktivity doktorandov sú zamerané na oblasť materiálového výskumu, rozvoj numerických a experimentálnych metód, analýzy mechanických sústav a štruktúr, hodnotenie medzných stavov, spoľahlivosti a životnosti súčiastok a konštrukcií.

Študijný program Biomedicínske inžinierstvo nadväzuje na poznatky a znalosti z druhého stupňa študijného programu Biomedicínske inžinierstvo ale aj z  prvostupňového študijného programu Protetika a ortotika. Vzdelávanie študentov je zamerané na implementáciu multidisciplinárnych znalostí v spolupráci s odborníkmi z medicíny a veterinárnej medicíny za účelom riešenia problematiky spojenej s funkčnosťou a činnosťou ľudského tela, 3D modelovaním tvrdých tkanív a ich aditívnou výrobou.  

Študijný program Časti a mechanizmy strojov patrí k základným programom v oblasti strojného konštruovania. V rámci tohto odboru sú vychovávaní špičkoví odborníci pre oblasť numerického aj experimentálneho výskumu a vývoja aplikovateľného vo všetkých ďalších smeroch strojárstva. Vedecké aktivity doktorandov sú zamerané na oblasť optimalizácie častí strojov, konkrétne na optimalizáciu torzne kmitajúcich mechanických sústav s akcentom na ovládnutie veľkosti nebezpečného torzného kmitania aplikáciou pneumatických spojok, rieši výskum v oblasti ovládnutia rôznych zdrojov budenia spôsobujúcich vibrácie napr. automobilových prevodoviek, agregáte pohonu rôznych mechanických sústav a pod. Zároveň zameriava svoju pozornosť aj na oblasť riešenia kinematických a silových pomerov záberu prevodových mechanizmov s čelnými ozubenými kolesami, závitovkovými a netradičnými prevodmi.

Študijný program Energetické stroje a zariadenia je radený do skupiny programov konštrukčného zamerania. Je orientovaný na osvojenie si vedomostí najmä z oblasti prúdenia tekutín, termomechaniky, transportu tepla, simulačných postupov riešenia energetických úloh, alternatívnych zdrojov energie, návrhu a konštrukcie energetických zariadení, vodíkových technológií a plazmovej technológie zhodnocovania odpadov.

Študijný program Inžinierstvo prostredia predstavuje dynamicky sa rozvíjajúcu vednú a študijnú oblasť, ktorá zaznamenáva nové, doteraz v SR málo deklarované vzťahy medzi zákazníkom, produktom, jeho vlastnosťami a prostredím. Je zameraný na optimalizáciu kvality prostredia a výskum a vývoj produktov a ich vlastností, vplývajúcich na prostredie. Absolvent vie navrhovať vlastné riešenia problémov v oblasti zákaznícky orientovanej technickej kvality produktov a kvality prostredia. Ovláda moderné matematické a štatistické metódy vrátane počítačových simulácií a dokáže ich tvorivo využívať vo svojej vedeckej práci. Ovláda vedecké formulácie problémov riešenia, ktoré vidí a chápe v interdisciplinárnych súvislostiach daných technickými, právnymi, ekonomickými, etickými i environmentálnymi hľadiskami riešenej komplexnej úlohy.

Študijný program Kvalita a bezpečnosť je zameraný hlavné na riešenie výskumných úloh zameraných na zlepšovanie v praxi. Kvalitatívne a kvantitatívne metódy posudzovania rizík (napr. FMEA, HAZOP, ETA, FTA, RCFA) sú základom pre riešenie problémov riadenia procesov, strojov a technológií, závažných priemyselných havárií, kontinuity podnikania a ochrany majetku. Absolvent tohto odboru je schopní samostatne vedecky a metodicky pracovať na inovácii nových výrobkov, technológií, zlepšovaní procesov, zavádzaní preventívnych a proaktívnych nástrojov do manažérskych systémov na báze rizík.

Mechatronika integruje poznatky najmä z oblasti mechaniky, elektroniky, informatiky a riadenia. Mechatronika umožňuje zlepšenie vlastností existujúcich výrobkov, ale aj vývoj úplne nových výrobkov, ktoré doposiaľ neexistovali. Mechatronika je už dobre etablovaná takmer vo všetkých priemyselných odvetviach, ako napr. automobilový priemysel, priemyselná automatizácia, robotika, spotrebná elektronika atď. Mechatronické riešenia priťahujú zákazníkov, pretože sú užívateľský prístupnejšie a ľahšie sa ovládajú. Typickým príkladom je automobilový priemysel, napr. rôzne asistenčné systémy pre zvýšenie komfortu a bezpečnosti a pod. Toto nespočetné množstvo vylepšení je dôvodom, prečo zákazníci uprednostňujú mechatronické riešenia výrobkov. Študijný program je zameraný na prípravu odborníkov strojársko-elektrotechnického zamerania so znalosťou základov automatizácie, informatiky, modelovania a simulácie pre prevádzku, výrobu a výskum pri navrhovaní mechatronických sústav.

Študijný program Priemyselné inžinierstvo v doktorandskom stupni štúdia je určený pre uchádzačov, ktorí budú schopní pracovať samostatne v oblasti projektovania, zlepšovania efektívnosti a optimalizácie podnikových procesov a systémov a v oblasti ich digitalizácie pre potreby Industry 4.0. Študenti si zdokonaľujú zručnosti nadobudnuté z bakalárskeho a inžinierskeho stupňa v oblasti softvérovej podpory zameranej na digitalizáciu konštruovanie, technickú prípravu výroby, v oblasti 3D technológií, v oblasti modelovania a simulovania výrobných, logistických procesov a systémov a v oblasti ergonómie. Majú možnosť pracovať s najnovšími technológiami v oblasti reverzného inžinierstva ako 3D skenovanie a 3D tlač a v oblasti virtuálnej a zmiešanej reality v oblasti overovania digitálnych podnikov a digitálnych dvojčiat. Študenti tohto stupňa štúdia sa podieľajú na vedecko výskumných aktivitách pracoviska, participujú na publikačných aktivitách a výstupoch, zúčastňujú sa vedeckých konferencii, workshopov, odborných školení v rámci svojej vedeckej profilácie. Podieľajú sa na vzdelávaní študentov nižších stupňov vysokoškolského štúdia a sú zapájaný v pozícii konzultantov do riešenia bakalárskych a diplomových prác v rámci činnosti ústavu. V rámci svojej vedeckej profilácie majú možnosť pracovať v špecializovaných laboratóriách (Testbed 4.0 a iné) a v podnikoch priemyselnej praxe, s ktorými Ústav manažmentu, priemyselného a digitálneho inžinierstva spolupracuje.

Študijný program Strojárske technológie a materiály prehlbuje a rozširuje teoretické poznatky z technologických disciplín z oblasti metalurgie, progresívnych technológií beztrieskového a trieskového spracovania kovov, automatizácie technologických procesov a možnosti ich aplikácií v strojárskych podnikoch, so zohľadnením kvalitatívnych, technicko-ekonomických a ekologických aspektov. Absolventi doktorandského štúdia budú mať uplatnenie vo výskumno-vývojových oddeleniach výrobných podnikov, špičkových manažérskych funkciách, riadení výrobných oddelení so sofistikovanou výrobnou technológiou, ústavoch Slovenskej akadémie vied, na technických univerzitách a technických vysokých školách. Môžu sa uplatniť aj v poradenských firmách a organizáciách, kde sa vyžaduje technické vzdelanie vyššieho stupňa.

Absolvent študijného programu je vedecký pracovník pripravený pracovať v oblasti výskumu, experimentálneho vývoja, inteligentného riadenia a automatizácie v súčasných podmienkach v súlade s požiadavkami Industry 4.0. Uplatnenie v programe Výrobná technika má široké možnosti na trhu práce, vo výskumnej, experimentálnej aj náročnej prevádzkovej praxi. Štúdium cieli na nadobudnutie znalostí s experimentovaním, konštruovaním, testovaním a overovaním v moderných softvéroch, aké sa používajú v špecializovaných vývojárskych a vedeckých tímoch.